Описани са 475 вида висши растения, 162 от тях са тясно свързани с наличието на вода. Естествените горски съобщества са представени от различии асоциации, доминиращи от върби. Представители на храстовия етаж на естествените гори са къпината, глогът, кучешкият дрян, червената калина, чашкодрянът, аморфата.
ПП Персина е важно място за съхранение на популациите на растителни видове, включени в приложение I на Бернската конвенция като водната лейка, дяволския орех и четирилистното разковниче или вписани в Червената книга на България като триръбест ръждавец, щитовидна какичка, обикновена мехурка, жълта и бяла водна роза, блатното кокиче, блестящата млечка и други.